植生

（１）サンゴ群集と砂浜

（２）屋久島：亜熱帯・暖温帯性常緑広葉樹林（照葉樹林）

海岸から標高約100mにかけて、アコウ、ガジュマルなどの亜熱帯性植物とともに、マテバシイ、ハマビワ、マルバニッケイ、シャリンバイ、トベラなどの常緑性の低木林が見られる。
栗生川河口には、小面積ながらメヒルギのマングローブ林がみられるが、マングローブ林は埋め立てのために大部分が失われた。
春田浜などの隆起サンゴ礁の上の群集としては、ハマボウ・ツキイゲ群落、コウライシバ群落、ヒトモトススキ群落、ハイキビ群落、ダンチク群落などがある。
この植生帯は、居住や湾岸整備、海岸の人工化、森林伐採などのため、人為による撹乱が影響していると考えられる。

（３）屋久島：暖温帯性常緑広葉樹林（照葉樹林）

標高約100mから標高700m～800ｍ付近にかけて、スダジイ、イスノキ、常緑カシ類、クスノキ科、ツバキ科などを主とした暖温帯性常緑広葉樹林（照葉樹林）であるが、平坦地では水田耕作、畑作などで、早くから自然植生は失われている。
また傾斜地においても、昭和35（1960）年頃までは樟脳生産、松脂採取、炭焼き、焼畑農業などで、また昭和30年代からはパルプ用木材の伐採が行われたのちにスギの人工林化あるいはポンカンやタンカンの果樹園化が進み、大規模な自然の照葉樹林植生が残るのは西部地域など一部にすぎない。
また近年ではヤクシカの生息数が増加し、下層植生や落葉等の過剰な採食などの結果、忌避植物の優占による森林の構成種の単純化や更新阻害、裸地化による土壌流出や一部植物の絶滅が懸念されている。

（４）屋久島：暖温帯性常緑広葉樹林（照葉樹林）—冷温帯性針広混交林（ヤクスギ林）移行帯

標高700m～800ｍ付近から標高1,200ｍ付近までにかけて、イスノキやアカガシなどに交えてスギ、ツガ、モミが森林を構成する暖温帯性常緑広葉樹林（照葉樹林）—冷温帯性針広混交林（ヤクスギ林）移行帯がある。
江戸時代からのヤクスギの伐採、明治時代以降の木材需要の高まりからの国有林施業によって、人為的な介入を受けていない地域はごくわずかである。
伐採後は、天然更新している地域と皆伐後に人工林による森林造成がなされている地域がある。

（５）屋久島：冷温帯性針広混交林（ヤクスギ林）

標高1,200ｍ付近から標高1,600m付近までにかけて、スギにツガ、モミを主としたヤクスギ林（冷温帯性針広混交樹林）が発達している。ヤマグルマ、ハリギリ、ヒメシャラなどの広葉樹も混交している。
一般的なスギの寿命は最大800年程度とされるが、雨が非常に多く日照時間が短く、また花崗岩の貧栄養土壌の屋久島では、天然スギの生長は非常に遅く、樹脂が豊富で年輪が緻密であるため腐りにくいという特徴を有し、樹齢が1,000年を超えることも珍しくない。屋久島では、樹齢1,000年以上の天然スギは「ヤクスギ」（以下「ヤクスギ」という。）と呼ばれ、ヤクスギを含む原生的な天然林は、独特の美しい景観を呈している。
江戸時代からのヤクスギの伐採、明治時代以降の木材需要の高まりからの国有林施業によって、人為的な介入を受けていない地域はごくわずかである。
伐採後は、天然更新している地域と皆伐後に人工林による復元がなされている地域がある。
ヤクスギ林は屋久島固有であるが、西南日本のツガ、モミを主体とする中間温帯のなかでスギが卓越して優占する森林と考えることもできる。大きなヤマグルマの着生が見られ、老齢木が混じるという意味では、台湾のタイワンヒノキやタイワンベニヒノキの森林にも構造的に似ている。

（６）屋久島：風衝低木林とヤクシマダケ群落

標高1,600m付近から山頂部では強風などの影響で高木層が成立せず、ヤクシマシャクナゲ、シャクナンガンピ、ミヤマホツツジなどの風衝低木林が見られ、宮之浦岳などの頂上付近にはヤクシマダケの群落がある。
また、冷温帯域の標高約1,600ｍの日本最南端の高層湿原である花之江河はミズゴケ類が生育・堆積した植生で、ヤクシマコオトギリ、ヒメウマノアシガタ、コケスミレ、ヤクシマホシクサなどの固有種・希少種が分布する。
この植生帯は人為的な改変を免れて、比較的原生自然を保っているが、近年登山者の増加やヤクシカの食害で、植生の劣化が懸念されている。
とくに草本類を中心に固有性が高く、屋久島を代表する植生のひとつである。

（７）口永良部島の植生

口永良部島は、海洋性の暖温帯気候にあり、維管束植物120科557種の分布が確認されている。
山頂にマルバサツキなどの火山荒原植生、その周辺にスダジイ、モクタチバナ、タブノキ、ホルトノキなどからなる照葉樹林が見られ、その他島の大部分はリュウキュウチクに覆われている。
また、海岸部にはマテバシイ、ハマビワ、マルバニッケイ、シャリンバイなどの常緑性低木林が見られる。
こうした火山地形に広がる緑の景観から、「緑の火山島」とも呼ばれ、トカラ列島の火山島と高い共通性がある。
タカツルラン（環境省第４次レッドリスト絶滅危惧ⅠA類）などの希少な種も存在する。

植生図と植物種リスト