動物

鳥類では、ヤクシマカケス、ヤクシマヤマガラの２種の固有亜種を含む167種が確認されており、このうち国内希少野生動植物種に指定されているアカヒゲ、カラスバト、イイジマムシクイ、アカコッコの４種が天然記念物に指定されている。しかしながら、イイジマムシクイとアカコッコは近年、確認されていない。
口永良部島では、天然記念物のカラスバトを含む48種が確認されている。

昆虫相では、固有種としてヤクシマルリシジミ、ヤクシマエンマコガネ、ヤクシマオニクワガタ、ヤクシマコブヤハズカミキリ、ヤクシマエゾゼミなどが知られる。またヤクシマミドリシジミなどの固有亜種も多数、知られている。
海洋生物は、甲殻類のオカヤドカリ類が国の天然記念物として指定されている。

ウミガメについては、主に永田の前浜、いなか浜、栗生の栗生浜で、口永良部島では、向江浜にアカウミガメとアオウミガメが産卵のために毎年上陸している。ラムサール条約湿地に登録されている前浜といなか浜では、平成25（2013）年の上陸回数は14,036回に及び、1,814個体が確認されており、北太平洋最大の産卵地になっている。